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生物安全柜的工作原理主要是將柜內空氣向外抽吸，使柜內保持負壓狀態，通過垂直氣流來保護工作人員；外界空氣經高效空氣過濾器( high-efficiency particulate air filter, HEPA過濾器)過濾后進入安全柜內，以避免處理樣品被污染；柜內的空氣也需經過HEPA過濾器過濾后再排放到大氣中，以保護環境。
生物安全柜的結構
生物安全柜一般由箱體和支架兩部分組成。箱體部分主要包括以下結構：
1. 空氣過濾系統
空氣過濾系統是保證本設備性能最主要的系統，它由驅動風機、風道、循環空氣過濾器和外排空氣過濾器組成。其最主要的功能是不斷地使潔凈空氣進入工作室，使工作區的下沉氣流(垂直氣流)流速不小于0.3m/s，保證工作區內的潔凈度達到100級。同時使外排氣流也被凈化，防止污染環境。
該系統的核心部件為HEPA過濾器，其采用特殊防火材料為框架，框內用波紋狀的鋁片分隔成柵狀，里面填充乳化玻璃纖維亞微粒，其過濾效率可達到99.99%~100%。進風口的預過濾罩或預過濾器，使空氣預過濾凈化后再進入HEPA過濾器中，可延長HEPA過濾器的使用壽命。
2. 外排風箱系統
外排風箱系統由外排風箱殼體、風機和排風管道組成。外排風機提供排氣的動力，將工作室內不潔凈的空氣抽出，并由外排過濾器凈化而起到保護樣品和柜內實驗物品的作用，由于外排作用，工作室內為負壓，防止工作區空氣外逸，起到保護操作者的目的。
3. 滑動前窗驅動系統
滑動前窗驅動系統由前玻璃門、門電機、牽引機構、傳動軸和限位開關等組成，主要作用是驅動或牽引各個門軸，使設備在運行過程中，前玻璃門處于正常位置。
4. 照明光源和紫外光源位于玻璃門內側以保證工作室內有一定的亮度和用于工作室內的臺面及空氣的消毒。
5.控制面板上有電源、紫外燈、照明燈、風機開關、控制前玻璃門移動等裝置，主要作用是設定及顯示系統狀態。
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